![]() |
Комментарии(Оставить комментарий) (показывать сначала старые комментарии)2008 год - геном 5000 $Старокадомский Петр 7 октября, 2008 г. 19:30. (ссылка) А вот уже, кстати, и «как это будет»Чугунов Антон 24 января, 2008 г. 15:21. (ссылка) Не успели еще отгреметь геномы Уотсона и Вентера, как, по инициативе китайских учёных стартовал проект, в котором будет отсеквенировано 1000 (!) геномов людей из разных частей света. (ответить) Re: Геном человека: как это было и как это будетnonlock 13 декабря, 2007 г. 14:43. (ссылка) (свернуть ветвь) Удивительное дело, по сути генетика не может ответить на главное, как пространственно-временная структура многоклеточных свернута в хромосомы. 98 % генома человека "как бы" не участвуют в работе хромосом, за исключением траспозонных и некоторых малых функций по обслуживанию белкового синтеза. Каноническая модель триплетного кода, если следовать ей, приведет к массовым ошибкам в белковом синтезе. Это отметил У.Лагерквист еще в 1968г. Ген (Hot Head), которого "как бы нет" в геноме Резушки Таля, выскакивае как чорт из коробочки (группа Р.Прюита из Пардуйского ун-та, US). Откуда он взялся? Из "запасающих" ушедшие гены РНК? Тогда геном = Ионблану. Несть числа доказательств непонимания истиннх функций генома. А люди всерьез обсуждают будущее, ориентируясь на 3 млрд секвенированных нуклеотидов. Джоконда предстает как 200г. краски, размазанной по текстилю... (ответить) Re: Re: Геном человека: как это было и как это будетНатальин Павел 14 декабря, 2007 г. 13:18. (ссылка) (свернуть ветвь) Вы зачем пудрите автору мозг? Вы-то сами на сколько внимательно читали статью Лагерквиста, который в гробу переворачивается если он, конечно, в гробу от того, что Вы его так недобросовестно в свидетели призываете. Так вот он пишет: «I would like to suggest that misreading by the two out of three method could pose a significant threat to the fidelity of protein synthesis in the cell.» И ни слова о том, что «каноническая триплетная модель» не верна. Далее, по поводу HOTHEAD. Вы так об этом пишете, словно исчезнувший в процессе эволюции ген вдруг появляется из ниоткуда
На самом деле, у «самоопыляющихся» гомозиготных растений появились гетерозиготы в потомстве. Не ген пропавший всплыл, а аллель! К чему это Ваше смещение акцентов? Статья тА ещё, никаких солидных подтверждений своей модели авторы не представили. И в Nature дебаты сразу пошли как интерпретировать их наблюдения. И хотя мне РНК-опосредованная наследственность слух не режет, там скорее всего всё проще перекрёстное опыление, контаминация. (ответить) Re: Re: Re: Геном человека: как это было и как это будетГаряев Петр 18 сентября, 2008 г. 11:41. (ссылка) (свернуть ветвь) Не вырывайте из контекста. Читайте всю статью. Да, Лагерквист не опровергал триплетную модель. Он только поставил вопрос, что мол проблемы с чтением иРНК возникают, потенциально опасные для синтеза белков. И не ответил на него. А что отвечать, коль синтезы идут нормально. Но вот почему норамльно, если таблица кода кричит, что нормального не должно быть.
(ответить) Re: Re: Re: Re: Геном человека: как это было и как это будетНатальин Павел 18 сентября, 2008 г. 17:24. (ссылка) (свернуть ветвь) Давайте сделаем так. Если хотите - набросайте в ответом комментарии тезисно Ваши доводы в пользу волнового кода, как это подтверждается экспериментально, а также соображения против "триплетного мышления". Ссылки на статьи преводить не надо, т.к. читать их никто не будет. Вы же не читаете. А то в ответ Вам можно было бы привести бесконечный список ссылок на статьи из PubMed. (ответить) Гаряев Петр 19 сентября, 2008 г. 16:00. (ссылка) (свернуть ветвь) Для начала, наши статьи опубликованы не только там, что привел. Хотя и супер рейтинговые журналы не гарантия против лжи. Вспомним недавние публикации Хванга в Nature. Где сейчас Хванг? Или обратный пример - первые публикации по автоволновым процессам (потом Нобеля дали). Где они были опубликованы? В трудах какого-то мед. института. Наши публикации по ДНК лазеру, по солитонам на ДНК, по ДНК-компьютингу, по взвимодействию ЭМИ с биомакромолекулами были опубликованы в Quantum Electronics, Laser Physics, Кр. Сообщ. по физике ФИАН, Proc. SPIE, Бюлл. Эксп.Биол. и Мед. Последние публикации тоже не в Мурзилке.
(ответить) Старокадомский Петр 19 сентября, 2008 г. 22:22. (ссылка) (свернуть ветвь) Послушайте, Вы первый раз внятно и понятно написали про свою точку зрения. Во всяком случае я первый раз встретил понятный и спокойный текст. Продолжайте дисскуссию в том же духе - тогда все будет намного приятнее и полезнее, имхо.
(ответить) Пардон-с!Снова Чубенко 28 февраля, 2009 г. 14:34. (ссылка) Не разглядел второпях - продолжать предложено Гаряеву, и давно. Действительно, он менее буйный и немного менее невменяемый. Превед ему от Перлофила :))) (ответить) Re: Re: Re: Re: Геном человека: как это было и как это будетНатальин Павел 18 сентября, 2008 г. 15:57. (ссылка) (свернуть ветвь) Вы бы ещё на ЖЖ сослались. А вообще - интересный материал для нашего раздела "лженаука". (ответить) Re: Re: Re: Re: Re: Геном человека: как это было и как это будетПетр Гаряев 18 сентября, 2008 г. 16:44. (ссылка) (свернуть ветвь) Можно было бы послать вас..., да к чему? Вот если бы вы по существу статей ответили, тогда бы и получили... А так вставать в позу - удел дурачков. И знайте, волновой генетикой занимаемя не только мы, но и такие крупные ученые как P.Marcer, W.Shemp, R.A.Miller, Будаговский, Бурлаков, Мосолов, Дзян Кань Джен, M.Pitkanen, А.Кайварайнен. Да вы хоть таблицу ген. кода посмотрите, если ею руководствоваться - массовый синтез ошибочных белков и ... Да что там с безграмотным говорить. Дуб, вы, Василий Иванович... Да, крепок я, Петька, крепок! Вот пример омонимий, используемых геномом, но недоступных ваашему одномерному триплетному мышлению. (ответить) Re: Re: Re: Re: Re: Re: Геном человека: как это было и как это будетПолянский Антон 18 сентября, 2008 г. 17:28. (ссылка) Куда уж нам одномерным... Только почему-то все такие ученые из подполья - ваши коллеги (торсионщики, водяные оракулы и прочие леонарды) - всегда в процессе научной дискуссии (если вы вообще правильно понимаете, что это такое) начинают с демагогии, а потом обычно переходят на визг и оскорбления. Более весомых аргументов, видимо, не находится. Публиковать работы можно хоть в Мурзилке - никто не запрещает. Но вот в научном сообществе принято апеллировать к публикациям в рецензируемых журнала, имеющих индексы цитирования и пр. Иначе такие разговоры следует переносить на кухню... Мы готовы выслушать любые мнения, но всегда будем при этом отстаивать позиции и взгляды признанные большинством ученых со всего мира. Если вам не по душе такой формат - в интернете полно сайтов, где вы найдете приятных во всех отношениях собеседников, готовых лить воду на вашу волновую мельницу. (ответить) Re: Re: Re: Re: Re: Re: Геном человека: как это было и как это будетНатальин Павел 18 сентября, 2008 г. 16:55. (ссылка) Оскорбления тут не помогут. Более того, здесь так не принято. Первое и последнее предупреждение - потом подобные комментарии будут удаляться с сайта. (ответить) Re: Re: Геном человека: как это было и как это будетСтарокадомский Петр 13 декабря, 2007 г. 14:52. (ссылка) (свернуть ветвь) Простите, но я ничего не понял. поэтому и ответить не могу. Возможно можно сформулировать Ваши мысли попроще, используя простые предложения. С уважением. (ответить) Re: Re: Re: Геном человека: как это было и как это будетnonlock (http://www.wavegenetics.jino-net.ru/) 13 декабря, 2007 г. 17:22. (ссылка) (свернуть ветвь) Полагаю, у Вас достаточный уровень, чтобы понять - генетика до сих пор не в состоянии трактовать тонкие механизмы кодирования фенотипа. Ген(ы) пока еще черный ящик, где на входе запрос биосистемы на то или иное морфогенетическое действие (структуру, признак), а на выходе они самые - структура, признак. Каскады генных включений-выключений и их продукты никак не объясняют главное – как реализуется морфогенез, т.е. пространственно-временная структура развивающегося эмбриона. Градиенты морфогенов по Вольперту ровным счетом ничего не объясняют. Черный ящик остался черным. Насчет чудовищности мысли, что 98% нашего генома – мусор, уж не говорю. И так ясно. Модель триплетного кода в части «воблирования» (случайности) 1-го нуклеотида антикодона, не обязательно комплементарного 3-му кодона, автоматически выводит на положение, что аминокислоты кодируют только два из трех кодоновых нуклеотидов [Lagerkvist U., 1978, “Two out of Three”: an alternative method for codon reading. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.75, p. 1759-1762]. Отсюда неизбежные омонимии, когда два одинаковых кодирующих дублетов кодируют разные аминокислоты (или стоп функцию), поэтому необходим ВЫБОР из двух одного. Ошибка выбора – ошибка в синтезе белка. А ошибок нет. Как осуществляется правильный выбор? Правильно, контекстными ориентациями. Что это значит? Это значит, что мы видим ИНЫЕ принципы белкового кодирования, которые уже получили название «второго генетического кода». Что он из себя представляет? Официоз не знает… Относительно парадокса, точнее нарушения Менделевских канонов, связанного с возвратом старого предкового гена, которого в геноме уже «как бы» нет, читайте статью Лолли и др., которая встряхнула генетику http://www.nature.com/nature/journal/v434/n7032/abs/nature03380.html Предположение авторов, что предковый ген запасен в РНК, фантастичен. Такие РНК были бы давно замечены, чего не наблюдается. Если бы уходящие в ходе эволюции гены запасались в РНК, геном был бы размером с Монблан. Следовательно, механизм возврата предковых генов ИНОЙ. Какой?
(ответить) Re: Re: Re: Re: Геном человека: как это было и как это будетСтарокадомский Петр 13 декабря, 2007 г. 18:35. (ссылка) Видите ли, положение действительно сложное. С одной стороны - ряд аргументов и фактов, некоторые из них приведенны Вами, остальные периодически всколыхивают научный мир (это и редактирование мРНК (пост-транскрипционное изменение точечной мутации), и упомянутый Вами третий кодон, и создание цистеина из аминокислоты-предшественника прямо на тРНК у некоторых архей, и прочие прочие прочие факты). Они заставляют думать и задумываться. И показывают что пока наше понимание жизни далеко от логического завершения. Так это и естественно.
(ответить) Re: Геном человека: как это было и как это будетAdmin 27 ноября, 2007 г. 15:09. (ссылка) (свернуть ветвь) Вот почему важно, во-первых, реформировать копирайт и патентное право. Они спотыкаются уже сейчас, на "какой-то" мультимедии. Что касается информации о геноме - один путь: делать ее открытой и никаких санкций за нарушение. Получится что-то вроде свободного ношения оружия, но в условиях генетического фронтира, к которому мы подходим - это необходимость. "Проблема" с работодателями решается закономерной эволюцией экономических отношений - от продажи потенциальных возможностей к продаже реальных результатов, наем "на авось" уходит в прошлое, а вместе с ним и дурацкая корпоративная уравниловка, когда оплата и создаваемая ценность слабо связаны. Короче. Изменятся в буквальном смысле слова все ценности, кроме самого факта их наличия. Есть еще версия, что "копаться" в геноме, искать в нем закономерности (дизассемблировать) будет специальным образом заточенный ИИ, а человек будет этими данными пользоваться (ставить задачу). Это вносит еще большую непредсказуемость в предполагаемые темпы прогресса - корреляцию с компьютерными мощностями, а в них тоже приближается очередной переход. Поэтому я считаю такие прогнозы весьма условными. Они могут к 10 году оказаться завышенными, а к 40 все равно будут выглядеть наивно-отсталыми. Фиг еще знает, что будет с существующей практикой многолетних клинических испытаний и других подстраховок. Ее может порушить какая-нибудь массовая эпидемия или другой кризис, но вероятнее всего - полнофункциональное моделирование. Тогда достаточно будет одного цикла испытания самого моделирования, чтобы сделать эту систему нормой. Вот вам и очередной скачок вместо привычного "больше генов, больше лекарств". Плюс экономический фактор, как будет развиваться спрос на геномные решения, как сегментируется рынок. О каком неравенстве идет речь - об обычной дифференциации доходов или о массовой недоступности критических возможностей (на сегодня это - личная свобода, грамотность, доступ к интернету, в будущем список наверняка расширится). Какой размах приобретут проекты с элементами доброй воли типа нынешнего OLPC (имхо, это своего рода целевой "налог" за глобальную безопасность), как будет эволюционировать государство? Короче говоря, картину следует изучать целостно. (ответить) Re: Re: Геном человека: как это было и как это будетСтарокадомский Петр 27 ноября, 2007 г. 16:34. (ссылка) Лучше всего про необъективность линейных прогнозов написано в книге В.А. Кордюма "Шагреневая кожа". Если реально интересует, сообщите в этой же ветви - я выложу цитату. А патентирование считают тормозом прогресса во всем мире. По крайней мере в той форме, что процветает сейчас - закрыть патентом "от и до..." , а дальше разберемся. Все это коллосально тормозит науку в мировом масштабе - во-первых нельзя бесплатно воспроизводить "это" там где требуеться; во-вторых, когда потрачены коллосальные деньги на патент, найти неточность или нестыковку в нем для ученого-автора равносильно самоубийству. Это ведет к натяжкам и подтасовкам результатов в лаборатории, которая выдала сам патент. И так до бесконечности. (ответить) Геномы не стоят на местеЧугунов Антон 4 сентября, 2007 г. 22:03. (ссылка) (свернуть ветвь) Итак, пожалуйста: сегодня объявлено, что Вентер отсеквенировал собственный геном. Ага, полный диплоидный набор хромосом. Опубликовали работу они на этот раз в ПЛоСе. (ответить) Искусственная клетка Крэйга ВентераПетр Гаряев 28 мая, 2010 г. 00:16. (ссылка) (свернуть ветвь) Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome
(ответить) Re: Искусственная клетка Крэйга ВентераPauLita 13 июня, 2010 г. 14:40. (ссылка) Бактерия Синтии сначала приснилась Гаряеву, но он ни хрена не понял... (ответить) Re: Искусственная клетка Крэйга ВентераПокойный Перлофил 28 мая, 2010 г. 11:39. (ссылка) Вентер - ацтой, Синтия - шняга, а валновое генетико жжот и рулеззз!!!
(ответить) Re: Искусственная клетка Крэйга ВентераСтарокадомский Петр 28 мая, 2010 г. 03:16. (ссылка) (свернуть ветвь) Предложите в двух словах контрольный (-ные) эксперименты доступными методами, которые бы подтвердили их неправоту и вашу правоту? Т.е. не предположения, не трактовку эксперимента, а что-нибудь вроде методики: А-Б-В-...-Ы, что могло бы показать например не полную идентичность. (ответить) Re: Re: Искусственная клетка Крэйга ВентераПетр Гаряев 28 мая, 2010 г. 10:43. (ссылка) (свернуть ветвь) Контоль классический - достоверность разницы, например, в скорости роста колоний, в размерах колоний. Другой контроль - белковый профиль донора и реципиента. Если донор и реципиент идентичны, разницы не должно быть ни по одному параметру. Если разница есть и она достоверна - полученные "искусственный" организм и донор являются генетически разными организмами (линиями, шаммами. (ответить) Re: Re: Re: Искусственная клетка Крэйга ВентераСтарокадомский Петр 29 мая, 2010 г. 02:06. (ссылка) (свернуть ветвь) Вынужден не согласиться. Перенос хромосом однозначно привел к появлению каких-то мутаций - метод новый, и его надо еще дорабатывать не мало. А эти мутации просто обязаны изменить и белковый состав, и скорость роста. В свое время был спор промеж археологов на предмет - есть ли карликовый предок человека отдельным видои или просто обычный австралопитек (могу ошибаться) с гипофизарной болезнью. Поэтому предложенный вами вариант не покажет однозначного ответа.
(ответить) Re: Re: Re: Re: Искусственная клетка Крэйга Вентераnonlock (http://wavegenetic.ru/) 29 мая, 2010 г. 12:41. (ссылка) (свернуть ветвь) Сдержанность Вентера в статье не по результату. Здесь они однозначны:"... Мы не нашли последовательности в синтетическом геноме, которые могут быть определены как принадлежащие M. capricolum. Это свидетельствует о том, что была полная замена генома M. capricolum нашим синтетическим геномом в процессе трансплантации». Да, полная замена генома. Введенные ими "водяных знаки" (маркерные фрагменты ДНК, а почему бы просто не дать радиоактивную метку? и появившийся непонятно как транспозон E.coli и, как возможное следствие, мутации плюс инактивация ими генов, оветственных за инфекционность - что все это значило для нового генома? Это и привело к НЕ ТОЖДЕСТВЕННОСТИ его исходному донорному геному. Иными словами, геном новый и клетки новые, не тождественные исходным Донорным. Получилось нечто «ни в мать, ни в отца, а в проезжего молодца». В роли последнего выступили новые ДНК последовательности, введенные искусственно, мутантные гены от Донора и транспозон E.coli, а также удвоенные гены. Следствие этого, которое наиболее интересно для нас, но не интересует команду Вентера, точнее, они не понимают этого следствия, вот в чем. Поменялся КОНТЕКСТНЫЙ ПЕЙЗАЖ ДНК нового генома и результат этого – смена смыслов некоторых мРНК. Вот реальное проявление лингвистичнсти НОВОГО генома и, соответственно, переоценки семантики части омонимических кодонов с последующим синтезом некой, может быть, небольшой фракции белков, чуждых метаболизму Донора. Как это может происходить дано мной в конце монографии
(ответить) Re: Re: Re: Re: Re: Искусственная клетка Крэйга ВентераСтарокадомский Петр 30 мая, 2010 г. 00:32. (ссылка) (свернуть ветвь) Возможно. Я просмотрю для начала вашу ссылку и дам ответ. (ответить) Re: Re: Re: Re: Re: Re: Искусственная клетка Крэйга Вентераnonlock 6 июня, 2010 г. 22:05. (ссылка) Вот что подумалось. Тема http://quantrinas.myff.ru/viewtopic.php?id=625&p=4#p50358 по Синтиям Крэйга Вентера абсолютно четко ложится в тему Лингвистико-Волнового Генома (ЛВГ). Поэтому свою часть соображений по Синтиям переношу сюда. Собственно, и несколькими постами выше уже инициировал эту подтему, так что продолжаю. (ответить) Re: Re: Re: Re: Re: Re: Искусственная клетка Крэйга ВентераГаряев Петр 30 мая, 2010 г. 01:34. (ссылка) Петр, я Вам личное письмо отправил в вашем сайте. Относительно квантового эквивалента инсулина. П.Гаряев (ответить) Re: Геном человека: как это было и как это будетАлександр Чубенко 9 августа, 2007 г. 12:06. (ссылка) (свернуть ветвь) "В начале октября 2000... Вентер заявил... более 700 тысяч долларов"
(ответить) Re: Re: Геном человека: как это было и как это будетСтарокадомский Петр 9 августа, 2007 г. 12:52. (ссылка) (свернуть ветвь) Интервью появилось на ВВС во вторник, 2 октября 2002 г. (http://news.bbc.co.uk/2/hi/science/nature/2289991.stm)
(ответить) Re: Reдактор - друг человека!Александр Чубенко 9 августа, 2007 г. 13:08. (ссылка) (свернуть ветвь) Дык, ёлы-палы! Мало того что не в 2000, а в 2002 - это пустячок, но он же там чётко сказал: "Within 10 years"! Исправь текст, а эту ветку переписки можно удалить. Про насморк намного интереснее и умственнее.
(ответить) Re: Re: Reдактор - друг человека!Старокадомский Петр 9 августа, 2007 г. 13:29. (ссылка) Да ну бросьте Вы - во-первых, поучать молодежь (с правильным ударением) почетный долг каждого научного журналиста. Во-вторых - на ВВС, как и в любой другой газете, ничего однозначно не написано, и как по мне "Within 10 years" имеет отношение только к тому, через такой срок детям будут давать прям в роддомах геномы на "флешках". Про цену на тот момент (то есть через 10 лет) не сказано ничего. 700 тыс. - прогнозируемая цена сиквенса на то время, поскольку сроки указаны слишком туманно.
(ответить) Re: Re: Reдактор - друг человека!Чугунов Антон 9 августа, 2007 г. 13:13. (ссылка) Ха-ха, что это за брюзжание? Я просто вспомнил Кира Булычова (светлая память), который в своей фантастике, не останавливаясь на деталях секвенирования генома, отмечал тем не менее, что, «как известно», в XXI (или XXII?) веке не осталось неизлечимых заболеваний, кроме насморка! (ответить) «...человек сможет вылечить насморк у целителя в джунглях»Чугунов Антон 9 августа, 2007 г. 03:03. (ссылка) (свернуть ветвь) Вот уж я удивился бы! Мне вот кажется, что можно научиться лечить любую болезнь но не насморк! И знание всяких там геномов тут не поможет! ;-) (ответить) | ||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||
2008 год, в Nature (6 October 2008) объявлено, что ряд компаний пообещал в следующем году удешивить стоимость прочтения геномов до 5000 долларов за штуку. Ждем дальнейшего падения цен. Ссылка для любопытных
(ответить)